http://homepage1.nifty.com/yito/anhttpd/faq/mysql.html このサイトを見ながら確認したところ、単純にPHPで文字列を出力すると化けていることが判明。 http://allabout.co.jp/career/database/closeup/CU20050321A/index5.htm の設定を行う。(全てEUC-JPで統一)

これでやっとうまく行きました・・・。長かった・・・。

移行元:mysqldump -u root -p --default-character-set=binary xoopsdb > xoopsdb
移行先:C:\mysql\bin>mysql xoopsdb < xoopsdb -u root -p --default-character-set=binary